Cada projecte d’habitatge de Sostre Cívic es gestiona de forma independent i té la seva pròpia assemblea, de la mateixa manera que té una gestió econòmica i un finançament separats, i el riscos no es comparteixen entre els diferents projectes de la cooperativa. Els projectes són autònoms i defineixen la seva organització i el seu reglament de règim intern.

Tot i això, els aspectes claus del model (com evitar la venda de patrimoni) estan regulats els estatuts generals de la cooperativa i qualsevol modificació s’ha d’aprovar en Assemblea General.